于是，徐晋便上奏请求在台湾设立澎湖巡检司，并任命当地的土著首领为东番知事，将台湾作为一府并入福建省治下，自此名正言顺地把台湾纳入大明的版图。
待一切安排定当，三天后，徐晋留下一支千人的军队暂时驻守在台湾鸡笼码头，然后便继续率领舰队主力南下广东广州府，下一步便要跟西洋人好好算一笔总账了。